地質(zhì)構(gòu)造主要包括斷裂和褶皺，對(duì)地下水循環(huán)運(yùn)動(dòng)的途徑和方向起著重要的控制作用，因而對(duì)巖溶發(fā)育產(chǎn)生重要影響。

因巖層褶皺，伴生和派生的裂隙系統(tǒng)一方面為地下水的活動(dòng)提供了通路;另一方面，因褶曲變形的隔水層又限制著地下水的循環(huán)補(bǔ)排，所以巖溶發(fā)育也具有不同的特點(diǎn)。當(dāng)向斜褶皺的核部形成承壓水時(shí)，一般情況下，巖溶發(fā)育可能相對(duì)均一。但是，如果有顯著的張裂帶產(chǎn)生，也可能發(fā)育橫穿向斜的倒虹吸狀的巖溶管道。在背斜褶皺中，沿背斜軸部上層的縱張和橫張裂隙，也可能發(fā)育巖溶管道。

溶洞通道網(wǎng)絡(luò)的組合格式與溶洞區(qū)碳酸鹽巖的主導(dǎo)裂隙方向相當(dāng)一致。一般認(rèn)為，壓性或壓扭性裂隙透水性弱，構(gòu)造巖也比較密實(shí)，常形成阻水帶，但斷層兩盤的碎裂巖帶，由于巖體破碎松弛，又常成為地下水的活動(dòng)帶。除此之外，層面和裂隙對(duì)巖溶發(fā)育有重要作用。特別是不純碳酸鹽巖或碳酸巖與非可溶巖間互層組合中，溶洞和巖溶管道沿層面和層間裂隙發(fā)育的現(xiàn)象十分普遍。很多落水洞或溶洞就是沿層間裂隙和切層裂隙相連接的部位發(fā)育的，一些巖溶管道常呈階梯狀向地下延伸，或者曲折前進(jìn)，通向巖溶水的排泄區(qū)。